菜单总览

喜讯 | 生物信息学专业及电子信息工程专业本科生在国际顶级期刊Nucleic Acids Research共同发表研究成果

  • 2019.11.18
  • 新闻
香港中文大学(深圳)生命与健康科学学院生物信息学专业的8位本科生陈奕钢、丁思元、谢悦洋、罗梦凡、蔡晓煊、许嘉桐、金辰南、周震宇以及理工学院电子信息工程专业的2位本科生俞圆和李玥明在国际顶级期刊Nucleic Acids Research 共同发表题为“miRTarBase 2020: updates to the experimentally validated microRNA-target interaction database”的研究成果,论文已经在2019年10月24日于Nucleic Acids Research 线上刊登。

香港中文大学(深圳)生命与健康科学学院生物信息学专业的8位本科生陈奕钢、丁思元、谢悦洋、罗梦凡、蔡晓煊、许嘉桐、金辰南、周震宇以及理工学院电子信息工程专业的2位本科生俞圆和李玥明在国际顶级期刊Nucleic Acids Research 共同发表题为“miRTarBase 2020: updates to the experimentally validated microRNA-target interaction database”的研究成果,论文已经在2019年10月24日于Nucleic Acids Research 线上刊登。

论文题目及作者
 

生物信息学专业的课程设计强调将课堂教学与实验课程相结合。此次我校多位本科生在国际顶级期刊共同发表论文,既是生命与健康科学学院取得阶段性教学成果的体现,也是我校对跨领域学科人才培养的体现。生命与健康科学学院与瓦谢尔计算生物研究院非常重视生物信息学本科专业的教学以及科研的投入。

研究团队部分本科生作者与指导教师黄宪达教授合影
后排左起依次为:周震宇、黄宪达教授、陈奕钢、金辰南、黄奕衔;
前排左起依次为:谢悦洋、丁思元、罗梦凡、蔡晓煊、李玥明、许嘉桐


Nucleic Acids Research

Nucleic Acids Research 期刊在2018年影响因子为11.147,JCR一区,收录范围涵盖计算生物学、表观遗传学、基因组学、分子生物学、结构生物学等,致力于发表核酸代谢或相互作用方面的前沿性研究成果。

miRTarBase数据库简介

miRTarBase数据库是专门收集有实验证据支持的microRNA-mRNA靶向关系(MTI, MicroRNA-Target Interactions)的数据库,已广泛地为全世界科学家所使用,包括美国(26.06%)、中国(14.50%)和印度(5.67%)的用户。过去相关论文被引用次数达2000次以上,科研成果在生命科学与生物医药领域有着重大影响。

目前数据库已经更新到miRTarbase 8.0。自miRTarBase数据库于2011年首次发布以来,miRNA与靶基因相关信息不断更新,同时网页界面也在不断加强,为用户提供更高效的访问体验,目前网页总访问次数已经过280万次。该数据库已经收录了超过11,021篇32个物种关于miRNA-靶标相互作用的实验支持文章,共计23,426个靶基因。随着新发布的CLIP-seq数据集的增加,新miRTarBase中的MTI集合超过500,000。通过改进NLP (自然语言)技术,搜集更多靶向关系及网络功能和注释信息。高度整合TransMir, miRSponge, SomamiR和CMEP提供的数据内容,并改善有关miRNAs调控和存在的信息。

miRTarBase数据库的更新重点示意图

学生体会

参与成员主要来自香港中文大学(深圳)生命与健康科学学院(LHS)生物信息学专业的本科生。他们在项目的开展和论文发表过程收获许多,并在生物信息专业知识方面得到提升,同时在挑战自我的过程中体会到科研的乐趣,启发人生规划的思考。下面是同学们的学习体会与心得分享:

罗梦凡(生物信息学专业大三学生):作为生物信息专业的本科学生,通过在miRTarBase课题组的学习研究,我对于生物信息方面的研究工作有了更多的认识,并且了解许多生物研究的方法与技术,让我们自己的专业,对生物研究,都有了更全面、更深入的认识。感谢老师们给予我们参与课题研究的机会,以及在研究过程中的悉心教导与帮助。

丁思元(生物信息学专业大三学生):在过去的大半年中在黄宪达教授、林杨冀冬博士、黄熙渊博士等老师的带领与指导下,我参与了miRTarBase 2020的完善与优化项目。我们阅读的文献涉及到许多基础、常用的生物与生物信息知识和技术,短时间内大量的阅读也快速地拓展了我的知识面。

蔡晓煊(生物信息学专业大三学生):我在研究课题中承担数据库信息处理与录入的角色,处理超过200篇文章。对microRNA及蛋白质表达量的研究方法和各种疾病有了广泛的了解,同时也更加直观地体验到生物信息领域dry lab和wet lab结合研究的灵活性和重要性。感谢Warshel Institute和黄宪达教授给予参与项目的宝贵机会。同时也感激一直孜孜不倦指导我们的林杨博士和黄博士~希望未来还能有机会参与到研究项目之中!

陈奕钢(生物信息学专业大三学生):本次升级中,我主要负责了coding 方面的工作。具体上包括数据库的重新组织以及用户交互界面,数据管理界面的升级。在这个过程中学到了许多新知识,新的语言和构架PHP, HTML, JAVASCRIPT, JQUERY, SMARTY等等,Linux服务器的操作,apache服务器的搭建等等。在工作的结尾,我遇到了最后一个也是最难以解决的问题,熙渊学长一直鼓励我独立思考,而不是直接授之以鱼。大概科研就是保持独立而有导向的思考,勇敢的面对任何困难,不论是知识的缺乏还是思维的困境都要主动而充满热情地解决,而且最重要的,绝不放弃。

谢悦洋(生物信息学专业大三学生):这一年来,我极大地提升了自己的执行力和做事的效率。最让我成长的,是我意识到自己录入的每一个数据都有可能被下一位科学家使用,进而改变世界。而我的细致与否,决定了数据是否准确。肩负着一定的责任,才能让人走得更远!

指导教师体会

黄宪达教授:港中大(深圳)是一个学术与科研氛围极为浓厚的宝地,沉浸于此,实为学生与教师之福。本校生物信息学专业与理工学院本科生积极投入miRTarBase生物数据库的研发,充分展现对于科学研究的热情。期待同学们能够以这次的Team Efforts为起点,未来能够在科学与研究的道路上,坚持热情,努力不懈,跨学科团队合作,以科研成果改变世界。

黄宪达教授简介:

生命与健康科学学院 教授
生物信息学 课程负责人
瓦谢尔计算生物研究院 执行院长
研究领域:生物信息、基因体学、宏观基因体学、智能生医科技(药物设计、基因检测、精准医疗)、生物数据库设计与开发